Hola Javi:
Pues básicamente desde Atocha, tendrías que coger la línea 1 de Metro (la azul, que para en la misma estación, por la zona de cercanías, según sales del AVE a mano derecha), en dirección CONGOSTO hasta la estación de Pacífico.
Una vez allí, transbordo al "circular" (línea 6, gris), hasta Sainz de Baranda (La dirección te la marcarán los planos, pues al ser circular, no hay cabeceras reales de línea).
En Sainz de Baranda último transbordo a la línea 9, morada, dirección "ARGANDA", hasta la estación de la POVEDA, distante 200 metros del museo del Ferrocarril de Arganda. Allí puede haber alguien esperando sin problema, en principio.
En cuanto a precios, si no recuerdo mal el billete de metro cuesta 1,15, aunque tendrás que pagar algo más para ir hasta LA POVEDA, puesto que queda fuera de la zona de tarificación "normal".
Espero haber ayudado, un saludo
Kevin Lera (Genesis)