En principio parece que tienes un error de sintaxis en el archivo MKR que te impide activar los marcadores.
Si estás generando una ruta creo que te conviene tener instalado el último Route Riter, porque entre sus múltiples herramientas está la de hacerte que el archivo en cuestión puedas alternarlo entre ASCII o Unicode.
Quizás ese sea uno de los motivos.
Por ahora no elimines ninguno de los archivos que contengan marcadores, hasta que los puedas ir depurando.
Siempre puedes probar el archivo MKR de la ruta, de modo que contenga sólo uno o dos marcadores, que pasen por supuesto junto a la zona de la vía para que los puedas ver.
Si así funciona y ves los marcadores, el resto es sólo añadirlos poco a poco.
El archivo de marcadores tiene algunas ñañas respecto a la sintaxis.
No tiene que faltar ningun paréntesis, y dentro de los nombres de archivos no debe haber espacios, signos Menos, etc, por lo cual conviene los nombres de cada marcador ponerlos entre comillas, porque sino el programa entiende que se trata de parámetros separados.
Existe sí un leve desfasaje entre las coordenadas del Route Geometry Extractor y las coordenadas del Google Earth, pero estas últimas son mucho más precisas, ya que las del RGE son basadas en el supuesto de que la tierra es toda redonda.
Ya me ha pasado con la ruta del Sarmiento, que más o menos a la altura de la estación Guanaco, los marcadores me pasaban a 200/300 metros de la estación.
Además en el RGE las lineas rojas de las supuestas lineas están muy sujetas a error, y un simple corrimiento de un píxel en el mapa del RGE te puede causar 200 metros de desfasaje que después te cuesta ubicarlos en el editor.
Ahora pues bien, puedes usar el RGE para generar los Tiles, que en el peor de los casos talvez tengas que añadir unos pocos tiles después para que no te queden desiertos blancos en el horizonte.
Con el programa Google Earth colocas en las opciones, que las coordenadas sean en grados decimales.
Analizando bien puedes crear distintas carpetas que contengan tus marcadores.
Ahi vas a generar marcadores que irás nombrando de acuerdo a como te convengan.
Luego, cuando quieras exportarlos, verás que hay 2 formatos para exportar, uno puede ser el que mencionaste.
Hazlo en el que corresponde y guardalo en la misma carpeta de tu ruta.
Ahora usas el Route Riter, que en una de sus herramientas TE CONVIERTE archivos de marcadores Google a marcadores MKR, y el mismo conversor te va a poner un cuadro para exportarlo, pero no sobreimprimas el MKR de tu ruta, sino que nombralo de otra forma, por ej: Nuevos marcadores.MKR.
Ahora cierras los programas, abres la carpeta de tu ruta y abres el nuevo archivo MKR, copias las nuevas lineas de marcadores y las pegas dentro del MKR de tu ruta, si todo está bien.
Y además la nueva ventaja es que como utiliza valores con muchos decimales, te hace más precisa la posición, dado que si usaras 4 decimales puede darte una diferencia de 20/30 metros en la posición, con 5 aun persisten diferencias, pero con 6 o más ya casi ni se nota.
Suerte y Saludos Demarcados
