Es un tema muy amplio éste como para contestarlo en un sólo mensaje y ha sido tratado en mucho hilos.
Por resumir, los programas para crear edificios son los mismos que para crear trenes. Ve echando un ojo al foro sobre las diferentes opciones, que para Trainz son Gmax/3DSMax o Canvas, por ejemplo buscando por el nombre de los mismos. De la misma forma puedes encontrar enlaces a tutoriales de diferente complejidad. Además de los programas de diseño 3D vas a necesitar uno de edición gráfica, tipo Photoshop o similar. También en el foro tienes expuestas diferentes experiencias al respecto.
Saludos:
Javier.-
Edito P.D. Hemos contestado varios a la vez...