Tienes que hacer el procedimiento habitual para activar un tren IA: acercarte lo más posible al portal, colocar el consist sobre la vía, añadirle las propiedades de conductor necesarias para que funcione como IA (paradas, si las tiene; ruta que quieres que siga y punto de finalización de recorrido) y, una vez tienes todo esto y te has asegurado de que no crea conflicto con ningún otro tren, "clickeas" sobre el arco del portal y te aparecerá un menú arriba a la derecha. Pulsas "añadir" o "add" y con el puntero del ratón, te colocas encima del tren, sobre la locomotora o sobre cualquier vagón o coche; le das al ratón y el tren desaparecerá.
Si quieres comprobar si está dentro del portal, "clickeas" de nuevo sobre el arco del portal y cuando salga el menú a la derecha, verás que se ha añadido el tren con el nombre o número que le hayas puesto.
Espero haberme explicado con cierta claridad
Por cierto, a mí tampoco me aparecen los nombres de los portales en el mapa 2D, pero, desde mi punto de vista, no es un asunto demasiado importante; cuando seleccionas ese portal como punto de finalización del recorrido de un tren, el nombre te aparece en la casilla del conductor del mismo, con lo cual, ya sabes como se llama el portal...