Seguramente el problema tiene que ver con los formatos de compresión DX, hay distintas versiones y tipos y probablemente las texturas de kuju deben pertenecer a algún tipo que a tu editor gráfico lo complica. Yo cuando he cargado texturas en Photoshop que han sido previamente convertidas a formato DDS no he tenido ningún problema con los archivos de Kuju. Prueba con el Photoshop y su plugin para gestionar extensiones DDS, la descarga de este plugin es gratuita y la puedes encontrar en el sitio de Nvidia.
Saludos y suerte.
PD: edsolis, todavía estoy escarbando en las plantillas de ruta, cualquier novedad la pongo en el hilo del tema.