Hola Akira:
Esto es lo que hago yo: abro el archivo .Ace con el TGAtool2 y lo guardo como .TGA con el mismo nombre.Luego utilizo un programa que se llama DXTbmp que sirve para separar el alpha de la textura asi se puede repintar sin problemas.Abro el programa y abro la textura y en la esquina superior derecha esta señalado el alpha y abajo de la imagen hay una especie de "Botones"....haces click en el segundo y lo guardas con el mismo nombre de la textura.....despues guardas la textura en >Save as> targa with alpha....Luego abris la textura con algun programa que soporte canales alpha (recomendado: Photoshop) y lo repintas...luego guardas la textura como .TGA y luego en la carpeta UTILS que se encuentra en la carpeta principal del MSTS abris el programa MAKEACEWIN,y en la primera opcion que dice "input filename",buscas la imagen repintada en .TGA,y en la segunda opcion "output filename",buscas el .ACE verdadero,luego le das a Convert y ahi tenes la imagen repintada
Yo uso estos pasos,nose si hay alguna forma mas facil que esta,si lo hay,diganlo