Umh.... la conclusion que llegué yo, cuando hice mis primeras "chapuzas" con el TGAtools fué que tenia mal el makeACE, pero no, manipulando un poco "descubri una cosilla", si te fijas a la derecha tienes un menu desplegable, en el cual tienes las opciones:
Standard MakeAce
Updated MakeAce
Patch #1 MakeAce
Pos bueno, si no me cuelo, tendrás este menu en el primero de las 3 opciones, pos bien yo lo puse en
Updated MakeAce y problema arreglado, creo que es por que en Standard solo te deja usar bmp de 524x524 y con estas 2 opciones ya te deja operar con los de 1024x1024. Yo me dejo usarlos haciendo este cambio ya me comentarás, de todas formas te recomiendo que uses TGA para repintar ya que los BMP te cargas las capas Alpha (si no me cuelo).