Hola.
Para hacer una estación subterránea se baja el terreno, se ponen las vías, el andén, catenaria y la decoración de la estación, y luego se pone un techo y unos muros. Luego, en los extremos de la vía, se pone túnel y así todas las estaciones que quieras y se unen con túnel.
En este hilo también se ha hablado de las estaciones subterráneas:
viewtopic.php?f=32&t=12684&hilit=estaciones+subterr%C3%A1neasSaludos, Civia462